两个主要原因

SettingWithCopyWarning通常在用户使用副本时产生，具体会发生在以下两种情况：

链式赋值（Chained assignment）
如df[a:b][c:d] = x，该操作包含两次链式操作，第一次会生产新的dataframe，第二次的赋值刷在该新的df上进行。
解决方案是使用loc，即df.loc[a:b,c:d] = x
蔽链（Hidden chaining）
如下面的代码，df2是由df经过get操作得来的，前者可能是后者的副本，也有可能不是。当修改df2的时候，有可能修改了df，所以也会出现Warning.
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df2 = df.loc[df.a==df.b]
df2.loc[c,d] = x
解决方案是明确说明df2是df的副本，即:
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df2 = df.loc[df.a==df.b].copy()

如果你很清楚以上原因，可以直接关闭警告: pd.set_option('mode.chained_assignment', None)

Reference